故事发生在一个小镇上，冈崎朋也是光坂高中在校生，因为家庭原因他一直过着浑浑噩噩的生活。他不参加任何社团活动，唯一的朋友是春原阳平。 某天的上学途中，在樱花飞舞的坡道上，他邂逅了一名少女——古河渚，从此他的生活发生改变。渚因病休学一年，重返校园的她对周围环境感到相当不适应。她想加入戏剧部，然而戏剧部早已休部。朋也决定帮助她一起开展戏剧部的活动，二人关系变得越发亲密。随后不久朋也在图书馆中结识了一名天才少女一之濑琴美。

在某个小镇，主角冈崎朋也因为家庭的因素成为不良少年，一直与春原阳平为伍，在光坂高校过着潦倒的生活，但冀望终有一天能够离开所在的小镇。某一天，他在学校坡道前发现了一个止步不前的女孩，在朋也认识了这个名为“古河渚”的女孩后，他的生活开始有了重大的变化。 前半为主角和女主角们之间所发生的事件，后半After story为主角和古河渚，在冈崎中学毕业之后，共同生活的日子，其中还穿插了“幻想世界”，CLANNAD就是由这三个要素所组成的故事。

梦。 我做着一个悠远而长久的梦。 从很久以前就一直在做着这个梦； 在梦中我凝望四季的街道， 期望与永远不会到来的人再度见面， 找寻连自己也早已忘却的遗失的东西。 多少时间、多少岁月从我身边流逝而过， 在无尽的黑夜中，一直、一直都在孤单地等待着—— 等待着最后那必将到来的黎明。

我的孩子，仔细听好 接下来我说的，是一件非常重要的事 已经忘了从何时开始 由上代讲给下代，代代传下来的故事 一个关于长久的旅程的故事…… 夏天，在靠近海边小小的街道上 一位青年从公共汽车站下车了 青年一直在旅行中 这样的小镇他无心久留 在赚足了路费后，他会去那些更繁华的地方 他的旅伴，是母亲留给他的小小的人偶